Entre los elementos figurativos que Rafael sacó de su experiencia en Florencia, las que derivan de Miguel Ángel parecen más frecuentes en sus obras florentinas pasado. El trabajo en el que la importancia de Miguel Ángel a Raphael se hace más evidente es la deposición (Santo Entierro). El panel fue pintado en 1507 en Perugia por Atalanta Baglioni como una ofrenda votiva en memoria de su hijo, Grifonetto, muerto en una plaza en Perugia en el curso de una disputa familiar.
El artista se separa de manera formal e iconográfica de las representaciones tradicionales de la escena. Él no representa la misma declaración, pero la realización de los muertos a Cristo. Los protagonistas de la escena no demuestran su dolor con violencia, pero se reducen, a través del modo Rafaelesca de sentimiento, a una especie de resignación dolorosa. La visión del espacio es menos geométrica que la visión de Florencia, y parece más libre y más cerca de la naturaleza. La influencia de Miguel Ángel es muy fuerte, sin embargo, y puede ser percibido, sin duda, en el brazo inerte de Cristo, así como en la figura femenina en el extremo derecho. Este último refleja la figura de la Virgen en el Doni Tondo, que Miguel Ángel ejecutó entre 1504 y 1506. El vigor formal y la sensación de espacio abierto que caracterizan a la pintura de Miguel Ángel, sin duda debe haber tenido un efecto profundo en Rafael.
Hay tres composiciones (Fe, Esperanza y Caridad) de la predela ejecutada en un delicado blanco y negro (hoy en el Museo del Vaticano). Tanto el panel principal y la predela se llevaron de Perugia a Roma por el Papa Pablo V. Ellos fueron reemplazados por copias en 1608. La pintura fue posteriormente incluida entre las obras, tomadas por las tropas francesas y se exhibió en París en el Museo Napoleónico 1797 a 1815 cuando, tras la restitución ordenada por el Congreso de Viena, fue devuelta a Roma.